众所周知，西域一直以来都存在着许多国家，从西汉到明朝时期，西域各国（中亚地区）大多都是我们的藩属国。但是到了清朝末年，由于清政府的腐败无能，加上列强的侵略，清政府已无暇顾及这些藩属国，而此时这些藩属国纷纷宣布独立。但是很少人会知道，在清朝时期有个中亚小国竟然敢入侵大清国土，异想天开想要吞并新疆，但是让人大跌眼镜的是自己的国家被其他国家灭亡。
这个中亚小国就是浩罕汗国，其疆域大概就是现在的哈萨克南部部分地区、乌兹别克东部以及塔吉克与吉尔吉斯部分领土。18世纪中叶，乌兹别克明格氏首领沙鲁赫建立浩罕汗国，在乾隆二十五年浩罕曾归附中国称臣，成为大清的一个藩属国。在浩罕汗国在奥马尔汗和马达里罕统治时期，国家达到鼎盛，而嚣张跋扈的马达里汗曾多次侵犯中国喀什噶尔地区，并支持该地和卓后裔进行叛乱活动。
当时，清政府平定大小和卓叛乱后，一些从清朝统治地区逃亡的瓦拉贵族，以及之前统治塔里木盆地的和卓们开始流亡到浩罕汗国，使得浩罕汗国成为了清朝眼中的潜在威胁。而当时的浩罕汗国为了确保与新疆的通商条件，向大清俯首称臣，于年至年间为清朝的藩属国。在大清的庇护下，浩罕汗国开始肆无忌惮的扩大地盘，而在奥马尔汗执政期，浩罕汗国迎来了鼎盛期。在贸易方面，浩罕汗国保持着对清朝的朝贡，同时与俄罗斯也确定了贸易关系，从而打通了东西方的贸易路线，获得了大量的经济利益。
进入19世纪，为了遏制浩罕汗国扩张的野心，清政府开始逐步限制浩罕商人活动，浩罕汗国对清朝的这一做法十分不满。当时浩罕汗国一直觊觎清朝统治下的喀什地区，为此当时浩罕汗国统治者阿里汗，支持大和卓的孙子张格尔入出兵叶尔羌地区，这就是历史上著名的“张格尔之乱”。而这次叛乱导致清朝与浩罕汗国断交，并出兵平定这这次叛乱，然而，这次大叛乱也给清朝在新疆的统治带来了很大打击，使得清政府不得不考虑与浩罕汗国相妥协。
年，浩罕汗国统治者阿里木联合大和卓曾孙，入侵清朝的喀什地区，然而当时军队的领导者阿古柏在占领喀什后，竟然建立哲德沙尔汗国（洪福汗国），宣布从浩罕独立。同年，北方的俄罗斯帝国开始入侵浩罕汗国，并占领军事重镇塔什干，没过多久俄罗斯军队就攻下浩罕城，浩罕汗国灭亡。
为了消灭阿古柏，当时已经花甲之年的左宗棠被任命为钦差大臣，督办新疆军务。光绪三年4月，清军分三路进军新疆，在5月分阿古柏就因病猝死，10月开始清军先收复南疆，趁敌内乱挥兵急进西四城，阿古柏之子率残部逃入俄境。光绪三年11月29日，清军收复和田，取得收复新疆之战的最终胜利。