引言
杜威和梅里特既已入城，他们认为菲军已无必要在马尼拉四周布防，乃告诉阿吉纳尔多撤走菲军。菲军将领莫不气上加气，要求与美军一战。阿吉纳尔多以大局为重，劝阻了手下的将领，但他内心也实在有一股说不出的怨气。
接着，阿就把部队撤到马尼拉以北一个名叫马洛洛的山区小镇。为了确立菲律宾的独立地位，阿吉纳尔多在马洛洛召开了一个制宪会议，制订了菲律宾的第一部共和国宪法。年1月23日，菲律宾共和国正式成立，阿吉纳尔多被选为第一任总统。他在就职演说中说：“从今以后，1月23日将成为菲律宾的国庆日。”他宣布菲律宾人民今后“将生活在菲律宾共和国的民主政府之下，摆脱任何外国的统治”。菲律宾共和国不但拥有陆军，而且也有一支小小的舰队，这是由八艘夺自西班牙的小艇组成的。另外有五艘较大的货船。此外还有一艘吨的旗舰。
原来这是西班牙菲岛烟草公司的货船，年7月，这艘船上的菲律宾水手和古巴水手联合揭竿而起，杀了西班牙船长，把船交给了菲律宾革命军。这些船虽然不足以打仗，但它们对运输却起了决定性的作用，因为菲律宾是一个岛国，海运是生命线。年10月，还是这个杜威，进行突然袭击，没收了这支小舰队，并下令封锁中国与菲律宾的海上交通，因为菲律宾革命军一直从中国港口购买军火。阿吉纳尔多虽然提出强烈抗议，杜威却装作没有听见。
年2月4日，美军更进一步向菲律宾阵地发动突然进攻，死伤数百人，阿吉纳尔多至此已忍无可忍，乃于2月5日宣布对美作战。他在告全国人民书中说：“昨夜9点，我接到来自卡龙坎车站的电报，报告美军既无理由又不提任何警告，向我圣胡安营地和马尼拉四周守卫仓库的部队进行了袭击，造成了不少伤亡。由于敌人的这种侵略进攻，我军已不得不予以防卫性的还击。我对双方作战表示遗憾。
但我是问心无愧的，因为我一直在尽我一切的力量来保持我军同美军的友谊，尽管我们已受了若干屈辱并牺牲了若干权利。但是，装出一副朋友脸孔和救世主脸孔的人存心要接西班牙的衣钵来统治我们，他们对我们的民族尊严和菲律宾军队的荣誉进行了进攻。我有无可逃避的责任要捍卫这种尊严和这种荣誉，不能使其遭受任何侮辱。
由于这种完全出于我们预料之外的挑衅，为了荣誉，为了对祖国的爱，为了保卫祖国，我谨宣布：菲律宾军队和美国占领军之间的和平友好关系已告结束，美国占领军从今天起将作为我们的敌人对待。美国侵略军凭仗他们人数的优势、装备的精良，加上早已有所准备，故而在战争开头时颇为神气，不可一世。侵略军司令奥蒂斯洋洋得意地打电报给华盛顿陆军部表示：只要一两个月，就可以解决军事问题。”
这个电报发出后没几天，共和国派了一支特遣队，进袭马尼拉。他们先在城市埋伏人手，以放火为号。晚上9点，马尼拉城内突然有八九个地方同时起火，城内一片混乱，特遣队乃乘机直奔城内，迅速消灭了一个美军前哨站，然后又迅速撤退。这次袭击给美军打了一记响亮的耳光，他们再也不敢小视菲军了，于是马上拍电报给华盛顿要求援军。3月初，援军到达马尼拉，美军才正式进攻马洛洛，菲军在给敌人重创后，放弃了这个小镇，转移至圣伊德罗。
6月10日，菲军在拉斯比尼亚打了一个漂亮的胜仗，击溃了敌人一个师。美军上尉萨克斯登在其笔记中写道：“这是美国军事史上从来不曾有过的事，整个师被击溃了。”为了挽回面子，美军司令部向报界说，美军所以打败仗是由于那天天气太热的缘故，击败美军的不是菲律宾人，而是气候。同时，他们又拼命向华盛顿要求增援。又一批援军于10月抵达马尼拉。奥蒂斯把所有人马分三路，由劳登将军、惠登将军和麦克阿瑟将军分别率领，企图四面包围，抓住阿吉纳尔多。
这三路大军虽然凭其优势兵力打了一些胜仗，但他们想抓住阿吉纳尔多的企图仍然远未达到。随着军事形势的发展，共和国总部又由圣伊西德罗移至塔拉克，由塔拉克移至巴亚奔。鉴于军事形势的新情况，阿吉纳尔多宣布解散正规军，一切正规军都改为游击队，全国分为若干游击区。每区任司令一人，司令员可以视情况做出决定，不必等待中央指示。游击队普遍采取打了就跑的政策，他们与群众建立了密切关系，没有作战任务时就在田间和老百姓一起劳动。
这是世界历史上第一支颇具规模的反美游击队。在这些游击区中，有一个区的司令长官是一名华侨，名叫包何塞，其原名叫刘亨赙，领准将衔。他年8月27日生于中国，10岁来马尼拉，为铸铅字工人。因为阿吉纳尔多的母亲是华裔菲律宾人，故包来往于她家，认识了阿吉纳尔多，并跟随阿参加了独立战争。他在比科兰地区曾率领游击队多次重创美侵略军，受到当地人民的赞赏。
年，麦克阿瑟代替奥蒂斯任司令。他向华盛顿作了如下的报告:“在整个列岛的每一岛上都有叛军。无疑地，他们受到了当地居民的支持。换一句话说，各城镇虽然名义上由美国占领和管理，但实际上却是叛军的基地，这不仅是从他们为游击队供应物资这个意义上来说的，而且也为游击队提供避难之所。现在菲军的最高战术就是:当美军进逼时立即解散，避入附近城镇，这一点他们是很成功的，因为人民支持他们，又因为他们一旦混入居民中，谁也不知道他到底是游击队还是平民。
这个独特的作战制度之所以成功当然是由于全国人民的团结一致。这种团结是一个事实，是不容置疑的。至于这种团结何以能达成，人们并不清楚。有人说这是出于居民慑于游击队的铁血统治，但光以这种恐惧心理是不足以解释的，它不能解释为什么数以百万计的人民竟然会采取一致行动。”麦克阿瑟作为一个侵略者，当然无法了解人民的心情，他一方面感到菲律宾人民不可侮，一方面又仍然要千方百计抓阿吉纳尔多。一次，他探到阿的行踪，立即派少校麻契率领名士兵前往追捕。于是就发生了腊子口之役。腊子口是一个险要的山口，拔海英尺。
为了掩护总部转移，阿吉纳尔多派格里哥里奥·德比拉将军堵守腊子口。太阳刚出山，麻契的军队就追到腊子口。德比拉一共只有60名战士，但他们个个下定决心，一以当百。美军只见德比拉骑着白马，在曲曲折折的山道上时隐时现，指挥若定。尽管美军从山下集中火力射白马，但没有一枪一炮能击中。
结语
不幸的是，在村子中出了一名叛徒，他告诉美国人此间有一条小道可通到腊子口。于是麻契就派了一百多人抄小道而上，并继续佯攻以吸引对方注意力。不到一个时辰，那一百多人果然已处于腊子口上峰，这样，德比拉部被夹在中间，上下受敌。但菲军中没有一个人害怕，他们愈战愈勇，充分发挥了不怕苦不怕死的战斗作风，直至全部牺牲为止。也有几名是受重伤的，因不愿当俘虏，跳崖而死。他们的顽强抵抗争取到了时间，使总部得以安全转移。
